1993年冬和1994年春，山东省考古研究所在薛故城遗进行重点勘探发掘，又取得重大成果──确认薛故城遗址为西周和春秋时期薛国都城遗址；在大城东南面的小城，为建于西周初年或商末的郭城，其内有宫城；这种大城套小城平面布局的西周城尚属首次发现。此外，在宫城之下还发现一座龙山文化城址。
位于薛城区北15公里的薛河西岸官桥、张汪两镇之间的薛故城遗址，见于地面的城垣周长21华里（10615米），其平面是不规则方形，城墙残垣高出地面4—7米，底部宽20—30米，有大小城门10处；城外薛河水围城一周为护城河，河宽30—50米；城墙为夯土打成，有大小城门10处。城内有炼铁、冶铜、烧陶等作坊10余处，居住遗址9处；城中皇殿岗村，地势稍高于四周，相传为薛国君主的宫室遗址。在城东南部和东部城内外清理了200余座西周晚期至战国时期的薛墓，出土了大批青铜器、陶器等珍贵文物，证实了薛故城为战国时期诸侯国薛国的都城遗址。由于其规模和完整程度在全国少有，1988年1月份被国务院公布为全国第三批重点文物保护单位。
这次，省考古研究所继续对薛故城进行重点复探和发掘，获得以下新的进展：
其一，确认1986年发现的小城是座西周城。新近在小城中部又发现一座小城，城近方形，始建于商末，延续到战国时期，很可能是小城的宫城，前者是郭城，宫城居中，郭城围绕宫城。在这座城址周围，历年来陆续出土的“薛子仲安”簠、“走马薛仲赤”簠“薛侯行”壶“薛比”戈“薛郭公子”戈，以《左传》中载藉昭昭的薛襄公──“薛侯定所造之戈”等一大批有铭薛器，曾一再发现带有“薛侯”“薛子”铭文的春秋战国青铜器墓，可断定此城是西周春秋时期薛国的都城，不知何时湮没地下。今地面所见薛故城（即大城）城垣属战国时期，可能是薛归齐后靖郭君田婴、孟尝君田文父子所扩建。
其次，在发现西周薛城宫城的同时，又在其东探出一座小城，与宫城东西并列，中隔一条30余米的河道，城垣夯土距地表2米，湮没比宫城深。因此，时代有可能比宫城早，目前，尚未试掘，确切年代不详。
其三，在宫城下层发现一座龙山文化城，与宫城形制、面积一致实际上宫城是利用龙山城城垣修筑的，龙山城内高外低，似属台城，城垣夯土较坚硬，难辨夯层。这是泰沂山以南首次发现的龙山城，使海岱地区的龙山城增加到五座。
