薛姓入闽始于西晋，主要有二个支派：
一是晋永嘉二年（308年），薛推为避“五胡之乱”，由河东举家南迁江左（今江苏南京）。传至薛贺，官南朝梁光禄大夫，于梁天监二年（502年）从南京入闽，先居晋安，后辗转至长溪县（今福安市溪潭乡廉村），其后裔分衍仙游等地。南朝宋时，有河东薛氏入闽，定居连江马鼻赤石村。
二是唐总章二年（669年），河南固始人薛使（武惠），随陈政率军入闽，开基长泰，传数代至薛一平，为漳浦开基祖。至明时，薛仲显迁永福（今永泰县）。
唐末，河南薛氏为随王潮、王审知兄弟入闽的27姓之一。宋德祐二年（1276年）河东人薛尚舍随宋皇室由杭州渡海至福州，其子薛节翁隐居福清文峰，世称“文峰薛”。南宋始，福建薛姓分衍广东王华、兴宁、梅州等支派。
唐总章二年（669年），薛使（武惠）随岭南行军总管归德将军陈政、陈元光父子南下平乱、镇戍、开漳，薛使任“行军统管使”， 先率军辗转征战于今云霄、漳浦、诏安一带，后奉命进驻长泰三（山）重。山重地势险要，却处漳州腹地，且有古驿道分别与同安、深青驿相联，系交通和军事要隘，故薛使驻守而后又定居于此。其后裔传衍漳浦。薛使为漳州薛姓始祖。
南宋绍兴年间（1131－1162年），兴化仙游人薛京迁诏安，为渐山七贤之一，其祖父薛利和曾任潮州知府。
长泰县陈巷镇山重村是薛姓祖居地。山重薛姓开基祖薛使，传数十世至薛丕列（具体世系资料待考），薛丕列被奉为宋一世。丕列传颙，颙传天相，天相传宣教，宣教传二子：长子一平，次子一正。宋宝祐四年（1256年），薛一正登进士，任长泰县府推官。薛一正传五子（宋六世），其长子伯仁、四子伯达留居山重，其余三子移居县城南隅（邑南）。薛伯仁生二子：长子季卿（字兴宗），次子应宗，分别当里长，被奉为山重薛姓明一世祖。由此，两个房派在山重逐步发展。衍居于大坊、后园、乌石、北墘、石洋、土楼、吴厝、圳仔墘、菜园内、前厝、禀仔内、赤土埋、后厝等社，又分衍于祖地、至岭、后坊、旺头等社。
宋末，薛一正次子伯高、三子伯玉、五子伯常由山重移居邑南（即长泰县城南隅）。伯高传一子应发；伯玉传三子：长子汝德，次子汝哲，三子汝璋;伯常生一子应举。明初，薛克希后裔薛子义于明洪武三十二年，倡建泰亨书院，并捐良田百亩以助学，传为佳话。 明朝为邑南薛姓鼎盛时期。明末由于瘟疫等原因，邑南薛姓后裔散居于马洋、沼地、至岭等社。
明朝初期，邑南薛子仁迁居锦洋社（今属十里村）定居，生四子（其中长子少年夭折），传三房，传衍至今。
明万历年间（1573－1620年），邑南薛姓十五世薛道轩分衍花洋社（今属陈巷镇上花村），传衍至今。清顺治十一年（1645年），薛玉进为避祸从长泰县二十四都山重村只身入台，为台湾南部薛姓开台一世祖。初定居于台南安平公庙，以捕鱼为生。郑成功收复台湾后，玉进回长太接妻林一娘及长子藏家到台湾。清康熙四年（1665年），玉进病逝于安平，时年三十九岁。其长子藏家生七子：荣、华、富、贵、由、在、天，均传在顶茄埕；次子生二子：长迎、次绵，传衍下茄埕。绵又传元、玲、正、陈煌、老修、缓填、明璨等。薛姓自玉进始至今已传15世，其后裔主要分布在高雄、台北、台南、屏东等地。 目前台湾薛后裔主要分布在高雄、台北、台南、屏东等地。自1988年以来，高雄茄埕薛氏宗亲多次组团到长泰山重谒祖进香，并出资设立财团法人薛氏宗祠文教基金会，资助宗亲子女奖学金，举办各种公益事业。
明代云霄已有薛姓，后裔居云陵镇。薛姓原居西林村，后从西林分支迁居云陵镇和铜山（今东山县）。
南宋初年，兴化仙游枫亭驿大洋村薛利和，于建炎二年（1128年）登进士，曾任潮州知府。其孙薛京为诏安薛姓始祖。 薛京，原藉兴化仙游枫亭大洋村。南宋绍兴间迁漳浦县安仁乡修竹里渐山，薛京与陈景肃、翁待举、吴大成、杨士训、杨士谨、郑柔结为挚友。陈景肃学成建仙人峰石屏书院后，薛京与吴大成、杨耿等相率前去拜师，绍兴二十年（1150年）迁建渐山石屏书院（草堂），一起讲学授徒，共同反对秦桧投降卖国，成为诏安渐山七贤之一。 薛京之后定居四都港口村官仓社。清乾隆末、嘉庆初，同村李姓出个强人李镇阳，一夜间屠杀十几位薛姓族人，迫使薛氏纷纷外逃。除少数与李姓有亲戚关系的留居外，少数迁县城南关、梅岭腊洲、赤石湾、邱厝城，大部分都远走他乡，分衍广东潮州麦园、惠东黄埠、澄海东里、钱东等地。民国时，官仓薛良露任诏安警察局长，其次子薛彦雄黄埔军校末期毕业，任国民党军队工兵营长。改革开放落实政策，为南京市政协委员（已逝）。 诏城南关薛姓今已传衍10世。1949年，薛郭祥之孙薛翼书迁台（博士、教授）。梅岭腊洲村薛永川、薛永培、薛永福迁新加坡定居，今已衍至二十二世。
宋宝祐年间（1253－1258年），薛宣教长子薛一平从长泰山重移居漳浦县石榴镇东山社开基，传衍石榴镇东山、玳瑁等地。山坪顶分传上营社。东山社分传大路社，大路社分传县城北郊罗山村的大路塔社。玳瑁社分传园里等社。罗山大路塔为东山二房大路社所传衍，故社名为大路塔。明万历八年（1580年），出进士薛士彦，官至云南左布政使。查岭村石壁社薛姓源自东山社，人数较少。杜浔镇后因村后薛社，原为薛姓聚居地，今为陈姓所居，无薛姓，而社名不改。明朝，薛姓后裔从漳浦石榴分衍广东普宁县里湖镇松柏围。薛姓后裔还分衍云南省及本省仙游县枫亭、安溪县大坪等地。清初，薛仲显堂兄弟12人，由漳浦迁永泰、金沙、石睦、丰登等地，六世薛道锦衍分12房派，称“永泰十二房薛”。新中国成立后，也有薛姓从外地迁入。
